中央政府と州政府のGST税収配分の明確化
GST 導入後の中央政府と州政府との税収配分比率をどうするかという問題が、早くから議論されていました。州によって税収格差があることから、州レベル（SGST）と中央レベル（CGST）の併用によるGST の二元化を望む声がある一方で、GST の二元化は導入の意図に反するという声が早くからあがっていました。税収確保を目指す州側の対応により、SGST が同時に導入された場合、従来のVAT と同様に各州の規定に誤差が生じる可能性があり、州間販売や州間移動の伴う取引に関して、新規定に沿った税金の計算を再度検討しなければならなくなる事態も懸念されていました。
また、GST の導入に対応する行政組織の再編も問題として提起されていました。中央政府の物品税当局および州政府の販売税当局が、人的資源および専門性の観点より再編の主導権を持つことが想定されていたためです。最終的には、適用税率のうち50% が中央政府に帰属するCGST、残り5 0% が州政府に帰属するSGST（もしくは、UTGST）とすることが決定されました。
